本篇目录:
- 1、如何对目的基因进行检测与鉴定
- 2、关于mRNA上的m6A富集分析文献解读
- 3、如何检测一个细胞中的蛋白质表达量
- 4、检测转基因生物是否转录出mRNA,应通过何种分子杂交方法实现
- 5、【测序实验】翻译组测序的简介和实验流程
如何对目的基因进行检测与鉴定
可以从三方面对目的基因进行鉴定:直接测定:按照目的基因组成制作DNA分子探针进行配对。mRNA测定:根据目的基因组得出其转录的mRNA组成,利用探针检测。
目的基因的检测是检测标记基因,而其鉴定是观测目的基因所表达出来的性状。所谓检测,就是看目的基因是否已经成功导入受体细胞,要看的是标记基因。导入细胞后,基因并不一定会遗传给后代并表达出来,所以要再鉴定目的基因的性状。
②、表达检测:检测目的基因是否完成转录出mRNA。分子杂交法检测RNA。检测目的基因是否完成表达翻译成蛋白质。提取蛋白质,用相应的抗体进行抗原——抗体杂交。⑵、鉴定:个体生物学水平鉴定,鉴定抗性等。
个体水平鉴定简单说就是把导入了目的基因的生物体培养出来,看生物个体中是否能表达出你所需要的性状。分子水平检测就相当麻烦了,它有三个步骤。首先,要检测转基因生物的DNA上是否插入了目的基因。
Sanger测序这种直接测序方法具有高度的准确性和简单、快捷等特点。目前,依然对于一些临床上小样本遗传疾病基因的鉴定具有很高的实用价值。
一定是先检测,后鉴定。因为受体细胞表达的不一定是整合到细胞核内的,即不一定是能传给下一代的,所以要先检测筛选掉没有标记基因的(剩下的都可以稳定遗传)再检测,选出能够表达的。 罗嗦了半天,不知楼主明白了没有。。
关于mRNA上的m6A富集分析文献解读
1、作者用Ldlr mRNA的互补序列探针进行pull-down实验钓取细胞的Ldlr Mrna,然后用m6A抗体进行WB检测pull-down产物,表明Ldlr Mrna上含有m6A富集。CTL探针的pull-down产物作为对照。
2、即m6A修饰引起Snail前体mRNA剪接和成熟RNA的降解(引起剪接的结论是如何得到的?)。随后用YTHDF2,一种甲基化酶reader来看成熟Snail mRNA上的甲基化水平随时间变化,作为补充。
3、Camper SA等人已经通过用STH处理HeLa细胞来检查对mRNA稳定性的影响发现,尽管在高达500μMSTH的存在下m6A抑制几乎完全,但mRNA稳定性没有受到很大的影响。
4、最常见的motif GGAC 在 m6a 峰中显著富集,大部 分 METTL3 结合位点位于 CDS区,在 5UTR 和 3UTR 高度富集,并且 m6A在转录水平上发生了全局低甲基化。
5、通过对下机数据的分析,来鉴定mRNA上m6A程度较高的区域,分辨率约为100nt。这种方法我们称之为MeRIP-seq( me thylated R NA i mmuno p recipitation sequencing)或m6A-seq。
如何检测一个细胞中的蛋白质表达量
1、实时荧光定量PCR检测mRNA的表达,然后westernblot检测蛋白表达量。
2、检测:使用化学发光试剂或其他方法检测目标蛋白的信号。定量:使用影像分析软件,如ImageJ,分析带的灰度值。为了校正加载差异,经常使用内参蛋白,如GAPDH或β-actin,进行归一化。
3、与相对应的第一抗体特异性结合,之后再与酶或同位素标记的第二抗体相结合,最终通过底物显色或放射自显影来检测特异性目的基因表达的蛋白成分。
检测转基因生物是否转录出mRNA,应通过何种分子杂交方法实现
1、采用用标记的目的基因作探针与mRNA杂交的是为了检测目的基因是否转录出了mRNA。
2、可以用Northern blot技术检测 Northern blot 是一种通过检测RNA的表达水平来检测基因表达的方法,通过northern blot的方法可以检测到细胞在生长发育特定阶段或者胁迫或病理环境下特定基因表达情况。
3、检测基因在转基因作物上是否成功转录,应从转基因作物细胞中提取RNA,以放射性元素标记的目的基因为探针进行分子杂交来检测。
【测序实验】翻译组测序的简介和实验流程
因此,二代测序具有通量高、读长短的特点。二代测序适合扩增子测序(例如16S、18S、ITS的可变区),而基因组、宏基因组DNA则需要使用鸟枪法(Shotgun method)打断成小片段,测序完毕后再使用生物信息学方法进行拼接。
通过测序设备生成的原始数据文件(如FASTQ格式)进行数据处理和分析。利用生物信息学工具,比如序列比对软件,将测序读数与基因组或参考序列进行比对和匹配。对于长序列的测序,可能需要进行多个测序循环(cycles)来覆盖整个序列。
操作流程如下:测序文库的构建 首先准备基因组,然后将DNA随机片段化成几百碱基或更短的小片段,并在两头加上特定的接头。
外显子组测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。